通辽曼楚克庙于清乾隆三年（公元1738年）建成。法名法禄寺。庙址选在老哈河南岸的曼楚克塔拉而得名。“曼楚克”蒙古语，直译为“缨子”。相传，康熙十四年(公元1675年)三月，义州王布尔尼反叛清朝，被清军追杀至奈曼境内老哈河南岸。在混乱中，布尔尼王的缨帽（清朝官吏所戴的帽子，帽顶上有红缨子）被打掉丢失于此，后人将这一片平坦开阔的地方称之为曼楚克因塔拉，意为红缨子的甸子。故在此处建庙便命名为曼楚克庙。此处现为平安镇满楚克庙村，名称一直延续至今。
曼楚克庙的建筑设计师是一位在西藏深造多年，并获有拉哈然巴学位的资深喇嘛，名为衮楚克拉布丹。他在其妹夫洪亲王（姓名不详，非奈曼旗籍人）的协助与支持下，通过旗札萨克王府，动员广大旗民集资（摊派与施舍相结合）建造了这所奈曼、翁牛特、阿鲁科尔沁三旗交界处附近的喇嘛庙。正殿为62间砖木结构的藏式建筑，雄伟壮观，其左右两侧各建有60间房舍的院落，为驻庙喇嘛禅房。
曼楚克庙的主持活佛尊号称“呼图克图葛根”。在曼楚克庙的二百余年历史上，曾有5世呼图克图葛根先后传承，任该庙主持。一世呼图克图葛根便是衮楚克拉布丹本人。他主持寺庙宗教事务数十年，在其80岁高龄上圆寂。
首任葛根圆寂后，旗札萨克官员会同曼楚克庙之达喇嘛等，遵照一世活佛的遗嘱，向北派人寻找转世灵童，最后从翁牛特旗境内发现，小活佛出生在曼楚克庙尚斯达（喇嘛职衔）喇嘛胞兄家。后呈请北京雍和宫主持章嘉呼图克图认定为曼楚克庙二世呼图克图葛根。二世葛根姓名不详，他7岁进庙为活佛，19岁赴甘肃省拉布伦寺（音译）学经深造10余年。30岁上携带《甘珠尔经》、《丹珠尔经》等黄教经典返回奈曼。其后在曼楚克庙正堂佛殿内雕塑高大的迈达里佛(如来佛)雕像，日夜供奉。还建造了活佛禅房——葛根仓。二世呼图克图生卒年月不详，据说40岁时病逝。
曼楚克庙三世呼图克图葛根出生于卓索图盟喀喇沁左旗（今辽宁省喀左蒙古族自治县）札萨克王四弟之家，由北京雍和宫章嘉呼图克图——饶勒彬多尔济札萨克达喇嘛认定该灵童为奈曼旗曼楚克庙第三世呼图克图葛根。奈曼旗从民间摊派千余头牲畜做为“聘礼”送往喀左旗王爷四弟家，并请回转世活佛。活佛7岁进庙。后送往北京雍和宫，拜章嘉呼图克图为师，学经数年，获“堪布”学位。回旗时，带回赐予曼楚克庙喇嘛们的110个“度牒”。他还带领由雍和宫派遣的活佛侍从人员（满语称高赤克)12名，达喇嘛6人、德木其3人返回曼楚克庙，为庙上喇嘛素质的提高起到一定的作用。三世呼图克图在其任期内仿照京城雍和宫佛塔的形状，在曼楚克庙也建了一座佛塔以及其他一些装饰建筑。但他多次往来于北京、奈曼之间，请客送礼，铺张浪费，使庙仓财产入不敷出，几乎到了倾“庙”荡产的地步。三世活佛60岁上在其父母家病逝。
曼楚克庙四世呼图克图葛根为奈曼旗额驸王德木楚克扎布之亲信属下、扎兰章京哈巴其克之子。哈某乃达赖叶赫氏（汉姓金）人。四世葛根的认定是由额驸王之亲叔父、时任奈曼旗波日和硕庙的查干葛根指示认定。并将7岁灵童请至曼楚克庙为第四世呼图克图葛根。这位活佛虽没有远出学经，但也到北京雍和宫、多伦诺尔等地拜佛取经。他外出“考察”回来后，便着手整饬法纪，贯彻佛教神圣的佛法戒律，要求500余名喇嘛自觉遵纪守法，使“庙风”大为改观。他在任期内，在曼楚克庙增设了卓德巴拉桑（经学部）和曼然巴拉桑（医学部）。绘制开光佛像一千多尊，并雕塑高21尺的黄教佛祖宗喀巴塑像。四世活佛圆寂时64岁。
在曼楚克庙第五世活佛，也是该寺末代葛根的产生上旗内发生了激烈的争议。以奈曼旗扎兰章京达尔斋为首的一方坚持转世灵童为阿鲁科尔沁旗人士斯迪达日玛之子（姓名不详）。其理由是，该男孩儿能够清楚地辩认四世葛根所用过的念珠、茶壶、经卷、袈裟等，并由“查干葛根已经指认为转世灵童”；而另一方所认定的乃是巴林右旗王府官员根培勒梅林之子洛布桑。他们认为，四世活佛火葬时冒出的烟向着西北方向飘去的，即说明逝者的英灵投向了西北方向，因而不能从其他方向上寻找，此为理由之一，理由之二，洛布桑已经被甘肃拉布伦寺主持扎米扬斯德巴呼图克图指定为曼楚克庙第五世活佛。如此双方各持己见，争论不休。在此争议中，阿鲁科尔沁旗的官员中也产生了两种意见：以旗札萨克为代表的一方同意前者；以旗管旗章京（加克拉克奇）那德米德为代表的一方支持后者。因那某是根培勒梅林的内弟，全力支持外甥洛布桑这一人选。当时阿鲁科尔沁旗札萨克王是昭乌达盟盟长。他为慎重处理转世灵童的争议案，特举行了昭盟所属11个旗札萨克王公参加的楚古拉干（会盟）。奈曼旗札萨克郡王玛什巴图尔在会上报告了发生争议的来龙去脉，摆出各种有力证据的基础上，提出了确认根培勒梅林之子洛布桑为转世灵童的议案。经与会王公们的审议讨论，最后通过了此议。然而节外生枝，根培勒梅林之父布和扎布却不愿自己的独生孙子当什么活佛，何况又是在争议迭出的情况下免强确立。所以布某拒不执行大会决议，竟上诉到热河都统衙门。奈曼王对如此有令不行的行为甚为不满，便亲自赴京拜托密友——雍和宫首僧、札萨克达喇嘛白某奏请皇上恩准，饬令热河副都统遵命照办。至此曼楚克庙五世活佛的人选争议才算彻底解决。
洛布桑8岁时来庙坐殿。不久到阿鲁科尔沁旗，在其舅父、拥有“道然巴”学位的高僧——嘎日玛喇嘛处学经。16岁赴甘肃拉布伦寺深造，一走十八年，34岁时返回曼楚克庙。在五世活佛洛布桑外驻拉布伦寺期间的某个子年（当为壬子年，即公元1912年）发生了扎鲁特左右二旗联合抗垦，攻打开鲁的事件。民众抗垦斗争失败后，据说开鲁县当局以曼楚克庙的喇嘛们，也参与了抗垦事件为由，驱逐了喇嘛，焚烧了曼楚克庙。后来，五世活佛洛布桑呼图克图回旗，召回逃散的喇嘛180余人，并请示三王（奈曼、翁牛特、阿鲁科尔沁三旗札萨克王）重建寺庙。在三旗王公和各地施主们的大力支持下，新建了30间佛殿，雕、绘各种佛像数以百计，同时修建了喇嘛禅房。新建的曼楚克庙虽不如从前的规模，但恢复了庙上的各项佛教活动，不失其百多年的古庙特征。