始建于清康熙二十年（1681年），位于磴口四坝乡海于沿境内金堂庙学校北侧。当年陕西大将军赵义率兵至磴口剿匪（赵是佛教信徒），请宁夏精于寺院建筑的僧人，用了近3年时间建成河套地区首座汉佛寺院，并命名为“慈云寺”。大雄宝殿坐落于正中，屋顶四角微上翘，浮雕悬空，层顶雕有“二龙戏珠”。前壁彩绘满墙，两侧有两个小陪殿，厢房在两侧纵列，各10余间。大雄宝殿内在其1.5米宽的净台上，5尊佛像皆彩绘金身，清静幽雅。
1851～1862年间，“哥老会”在磴口骚扰百姓，焚烧寺院，慈云寺遭到惨重的破坏。到1901年又一次经历了劫难，留下一片残垣断壁，民国15年（1926年），信徒迫切希望重建寺庙，在当地大居士李怀祺的组织下，于1930年重建了寺庙。
解放后，在“文化大革命”期间，寺庙再次被毁，到1980年，落实党的宗教政策后，李光杰、周杰、李占兴等居士集资修建了几间土木结构的念经堂。1989年在李光杰、周杰等居士的组织下，又建起新的慈云寺。信徒推举李光杰为会长。慈云寺有固定活动日期：正月十五日为灯游会；四月初八为释迎牟尼佛圣诞日；七月十五日为佛的欢喜日；九月十九日为观音出家圣节；十一月十七日为阿弥陀佛圣诞节。
解放初期有和尚、居士80多人，现有居士19人，教徒400多人。主要分布在今磴口协成、四坝、公地等乡，也有杭后、五原、前旗的部分教徒。