历史上的桂林是广西首都、首府，是广西的政治、经济、文化中心，也是广西的佛教中心，古代广西著名的大寺院均集中在桂林。桂林市区内存留至今的佛塔（象山上的普贤塔是桂林市徽标志）和摩岩佛像、石刻等佛教文化遗产，无论数量或质量均居广西之首。迄至近、现代，桂林佛教接连惨遭“太平天国革命运动”、“庙产兴学运动”和“捣毁偶像以祛迷信运动”等兵燹人祸浩劫的严重摧残，在抗战前夕已经奄奄一息，当时广西的佛教和道教被地方当局当作“迷信”，通令各地禁止活动。直至抗战开始，广西籍护法长居士李济深先生以国民政府军事委员会桂林办公厅主任身分进驻桂林后才大为改观。当时，广西省政府实行较开明的政策，桂林成为抗战大后方，“市容整洁民殷庶，军政修明文化深”（太虚大师诗句），各地文化名人和高僧大德纷纷来到桂林，桂林佛教得以复苏、延续。
桂林能仁禅寺的前身是原广西省佛教会所在地。1939年初，年富国强、才华横溢的道安法师应桂林僧俗礼请，从南岳祝圣寺来到桂林主持法会，追荐抗战以来死难同胞，祈祷世界和平。法会圆满后，道安法师应请留在桂林主持中国佛教会广西省分会的工作。其时，身居要职的广西靖西专员黄昆山夫妇崇道安法师为师皈依三宝后，发大心于1938年8月在原残丰不堪的地藏庵附近购地十数亩，交道安法师主持募款建大雄宝殿，作为广西省佛教会永久办公地址，至1944年11月桂林沦陷，人员大疏散前夕，经道安法师5年多的艰苦努力，广西省佛教已建成大雄宝殿、观音殿、弥勒殿、方丈室、山门等建筑，成为桂林市一个新的弘法道场。
1940年秋，巨赞法师从南岳衡山辗转来到桂林，任广西省佛教会秘书长，并于当年12月15日同道安法师一道创办、主编、出版《狮子吼月刊》，以桂林为实验基地开展“新佛教运动”，历时一年多。抗战胜利前夕，桂林惨遭日军飞机狂轰滥炸，全城98%以上的房屋被毁，而广西省佛教会幸赖佛力加被得免于难。抗战胜利后，道安法师从外地返回桂林，继续艰难主持省佛教会。后来，由于战云密布、时局动荡，道安法师辗转赴台发展，驻锡于台北松山寺。
1949年后，广西省佛教会自行解体。1950年桂林市进行社团登记时，广西省佛教会所在地以桂林市佛教会的名义进行登记，负责人先后有释自禅 、释海圆、释自如、释明德等。“文革”期间，佛教会所在地被多家单位瓜分、占用，佛教荡然无存，大雄宝殿和观音殿内不闻梵呗清音。1986年9月，在市政府协助下，桂林市第一届佛教徒代表大会召开，正式成立桂林市佛教协会，确定原广西省佛教会所在地定名为“桂林市能仁禅寺”，能仁禅寺院住持慧玉当選为市佛教协会会长；在市政府负责迁走占用寺院的工广后，由比丘尼慧玉法师主持募缘维修能仁禅寺，寺院作为比丘尼道场管理。1992年10月慧玉法师圆寂后，由从法法师接任能仁禅寺住持至今。
能仁禅寺地处桂林市中心，占地面积1800平方米，在桂林市四个道扬中是规模最大寺院，现有常住人员12人。能仁禅寺用地政策的落实和寺院维修工作，得到海内外高僧大德和中国佛教协会赵朴初长大力支持。赵朴老于1988年5月专门就恢复桂林市佛教寺院问题致函广西壮族自治区党政负责人，极大地促进了桂林市能仁禅寺落实宗教政策工作。
能仁禅寺的修建工程自1980年10月正式开工。1995年4月告竣开光。
1996年10月10-15日，中国佛教协会副会长净慧法师来桂林访问、弘法，并在当年太虚大师两度讲经说法的能仁禅寺大雄宝殿为桂林、南宁二地数百位信众开示《佛教的正信与正行》。1997年，能仁禅寺将原砖木结构的观音殿改建为钢筋混凝土结构的两层综合殿堂。
能仁禅寺现在的大雄宝殿坐西朝东，占用面积约500平方米，建筑主体部分还是当年道安法师主持修建的，经过近60年的风风雨雨至今已经显得很陈旧了，雨天屋面滴漏严重，补不胜补。能仁禅寺常住决定在1999年重建大雄宝殿，并继续呼吁政府进一步解决“老、大、难”问题，争取早日收回被占用的弥勒殿和山门土地使用权，使能仁禅寺以新的姿态进入21世纪。
能仁禅寺现任方丈为从法法师，64岁，原籍桂林人，1944年出家。兼任桂林市佛教协会副会长，桂林市人大委员，广西自治区佛教协会常务委员。现任监院为释宝志，34岁，原籍广西蒙山人，1988年出家，毕业于闽南佛学院。兼任桂林市佛教协会秘书长，桂林市青年联合会委员。
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