三乘教法都能调伏烦恼，就对治烦恼而言，小乘对治烦恼叫断除，大乘对治烦恼叫转变，密宗对治烦恼叫运用。既然三乘教法都在对治烦恼，为什么上乘派的功德大于下乘派呢?我们先举个例子：比如我们身边都长满毒草。小乘的观点是什么?决定不要去沾毒草，远离毒草是小乘教法一贯的方式。因此，讲解戒律时，以根本为主，在护持根本戒基础上，还要讲解很多支分戒律。比如，不仅要远离毒草(根本戒)，而且要远离与毒草沾边儿的一切相关事物(支分戒)，以免沾上毒草而伤及到性命。这是小乘一贯的作风，叫断除，就是压根不要接触它。

大乘教法叫转变。比如，身边都是毒草，但是自己不能被毒草所困而停滞不前，怎么办呢?大乘具有更高的智慧，会将几种良药与毒草配在一起，将其变成一种良药了。不仅不会中毒，还会起到治病强身的作用，这就叫转变。它没有中毒，还可以去摸这个毒草。但是它这种方法起到什么?还起到治病强身的作用。

但小乘他只能断除毒草，虽然没有中毒的，但是这个毒也没有对他起到什么作用。井水不犯河水，你在你那边，我在我这边，所以你没有伤及到我，但也没有起到什么利益。但是大乘教法，它具备有这个转变，也就是说有这样的一门智慧，所以它会把你变成一个良药。这时候我可以去碰你，但是碰到你，别说是起到一些坏的作用，甚至还会起到好的作用。

密法调伏烦恼叫做运用，因为大乘教法还需要一些转变的过程。密法具备很好的“胃”，直接吃下去，能以毒攻毒。在《大圆满直视本性论》当中说：“其意念犹如毛不换、色不变，若趋入清净修行之中，即为解脱。”但是密法还要讲解方便教授和真实教授。我们前世若不是一个行善业力清净者，今生很难与密法结上缘，因此对密法心生敬信者，都称之为上等根机。但是上等根机当中还要分为：上等之次第根机和上等之利根者。